1988年10月21日，《南方周末》第一张彩色报纸面世。

1989年2月11日，《南方周末》创刊五周年。中顾委委员、原广东省委书记任仲夷题词“喜闻乐见”以示祝贺。广东省政协主席吴南生题词：南方多佳讯，周末有奇文。

1992年1月，《南方周末》第一次扩版，从对开4版扩大为对开8版。

1992年9月，“1992年全国文化艺术类报纸十佳”评选结果在北京揭晓，本报与《光明日报》《文汇报》一起名列三甲。

1995年10月18日，《南方周末》驻上海记者站正式成立。

1996年1月，本报第二次扩版，从对开8版扩大为对开16版。

1997年9月，由中国新闻史学会、北京工人集报协会主办的“我们喜爱的全国百家优秀报刊评选活动结果在北京揭晓，本报荣获“全国百家优秀报刊”称号。

1998年年初，第三次扩版，从对开16版扩至对开20版。

2000年，本报第四次扩版，由对开20版扩为对开24版。

2001年1月，南方周末《新经济》、《新文化》、《新生活》正式登台。

2002年3月28日，本报版面全面刷新，分为新闻、经济、文化、城市专题四大版块(京、沪、粤三地每期赠阅城市专题8个版)。

2003年4月4日，本报成都记者站成立。

2003年8月1日，由南方日报报业集团主管、本报主办的《名牌》杂志正式出版发行。这是一本主要针对精英男性群体的高品位杂志。

2004年1月，本报第五次扩版，将32版发行到全国，并且重新整合为新闻、经济和文化三大版块。

2018年4月，南方周末报社推出“内容付费工程”，确立了“以内容付费工程统揽南周融合转型工作全局”的战略思路。5年来，“内容付费工程”已为《南方周末》带来直接收入4400万元、付费用户累计已达32万、知识付费产品线吸粉43万。

《南方周末》每年的第一期都会在头版刊登新年祝词，有人认为这是《南方周末》精神内涵的体现。此后，《南方周末》新年献辞也成为人们关注的内容之一。

《南方周末》一般会在每年年底的某期制作年终特刊。特刊一般包括封面年度人物（从2000年起）、年度事件评选、年度国内外事件总结等。封面年度人物一般是由读者通过投票评选出的。第一次由读者选出的封面年度人物是李昌平。2007年年度人物是不满PX建设而“散步”的厦门民众，这是第一次将一个群体选为年度人物。2008年的年度人物为“2793名北川中学学生”，以此纪念汶川地震。

副刊一般是指文化版和城市版。内容以文化事件、专栏、读者投稿、漫画和填字游戏为主，比政治、经济等新闻版面轻松一些。其中填字游戏“小强填字”栏目成为中国大陆报纸最成功的填字游戏之一，曾出版过两册“小强填字”内容的选集。

《南方周末》报头题字是鲁迅笔迹，是切割鲁迅字体组合而成。

《南方周末》新闻以独家为主，时评以纵深见长，副刊则佳作迭现。

《南方周末》立足广东，面向全国。在全国设有11个印点：广州、北京、上海、西安、武汉、成都、海口、济南、南京、长春、福州，通过卫星传版，实现同步彩色印刷。

从2004年起，《南方周末》扩版为32版，分新闻、经济、文化三大版块。

《南方周末》为改革分忧，坚持把社会效益放在第一位，精神文明建设与物质文明建设并举，并被评为读者“最喜爱阅读”的报纸；还被广东省委省政府授予“广东省文明单位”称号。

作为最早进行市场化营销的报纸之一，南方周末喜获“2003艾菲广告实效奖”，是第一个获得国际营销大奖的中国报纸。

南方周末非常注重聆听读者的声音。2006年，南方周末启动读者短信评报系统，是中国第一家拥有读者短信评报系统、运用现代科技进行高频度的读者互动的报纸。

2006年，世界品牌实验室（WBL）公布的《中国500最具价值品牌》中，南方周末以20亿元的品牌价值位居周报第一名，为名副其实的“中国第一周报”。

2008年，南方周末在由中国商务广告协会和中国传媒大学主办的“2008中国消费者理想品牌大调查”中，位列报纸类“理想品牌”第一位。